Le anomalie di numero di specifici cromosomi possono essere individuate anche mediante QF-PCR (Quantitative Fluorescence Polymerase Chain Reaction), una tecnica di genetica molecolare che permette l’amplificazione quantitativa di specifiche sequenze del DNA.
La velocità di esecuzione è la caratteristica più importante delle tecniche di analisi molecolare che si rivela utile in diagnosi prenatale quando sono richiesti tempi di risposta brevi, infatti i tempi di risposta per la QF-PCR rivolta ad individuare le anomalie di numero dei cromosomi 21, 13, 18, X, e Y sono di 48 ore. Inoltre, rispetto alle tecniche tradizionali, permettono di eseguire test di laboratorio partendo da una minima quantità di materiale.